98年與99年的所得稅表現，和97年度及98年度上市櫃公司的獲利準有落差，主要因為「財務會計與稅務會計」的原則不同，所得稅採「現金制」，已經實現的損失或獲利才能認列，與企業財務報表依商業會計法採「權責制」不同，產生差異，俗稱為「財稅會差異」，有的差異只是時間落差，有的是永久差異。

　在正常情況下，營所稅比企業的獲利落後1年，98年營所稅原本應該反應97年度的金融海嘯打擊，但因97年度企業因持有海外有價證券的市價大跌，在財報帳面上認列巨額虧損。當時因為全球股價崩跌太兇，企業無機會出售，在所得稅上沒有發生實際損失，不能認列損失費用，不能從所得中扣除，以致97年上市櫃公司稅前盈餘創下5,000多億元的新低，98年的營所稅還保持3,326億，與外界預期差很大。

　同理，99年的營所稅原本應該反應98年上市櫃公司的稅前盈餘回升，但營所稅卻創下6年新低。主要原因為，98年國際金融商品價格大幅回升，台灣股市也回漲6、7成，所以上市櫃公司在財報上又依公平價值回沖損失，認列評價利益。

　如前所述，99年申報98年度的營所稅時，這部分的稅前盈餘不是來自已實現的獲利，在稅務會計上不必認列所得，不用繳稅。所以營所稅只收到2,842億元，創下5年來新低。