綜合所得稅納稅義務人辦理結算申報時，如因夫妻分居無法合併辦理結算申報，應據實在申報書內，載明配偶姓名、身分證統一編號及「分居」字樣。台北國稅局提醒，如未按上述方式處理，將會被稽徵機關認定為漏稅案件。

台北國稅局官員表示，綜所稅採夫妻合併申報制，除非納稅義務人與配偶在年度中結婚或離婚，辦理該年度綜稅結算申報時，才可自行選擇分別或合併申報。

如果是分居夫妻，符合民法規定「難以維持共同生活」，不同居已達六個月以上，向法院聲請宣告採用分別財產制者、符合民法規定不繼續共同生活達六個月以上，經法院裁定關於未成年子女權利義務的行使或負擔者，或依家庭暴力防制法規定取得通常保護令者等情形，才可各自辦理結算申報。

除符合夫妻得各自辦理結算申報規定者外，夫妻雙方均有所得時，得選擇各類所得合併計算、薪資所得分開計算或各類所得分開計算的最有利之方式計算稅額，但仍應合併辦理結算申報。